Thời điểm ra đời của loại chữ này đến nay vẫn chưa thống nhất. Theo John Stevens, tác giả Sacred Calligraphy of the East (Thư pháp linh tự Đông Phương) thì hình dạng chữ này chuẩn định vào khoảng năm 700 sau Công nguyên nhưng đã trải qua thời kỳ hình thành khá lâu trước đó. Chứng tích là kinh lá bối bằng chữ Siddham chép Bát Nhã Tâm Kinh được thỉnh từ Thiên Trúc qua ngả Trung Hoa sang tận Nhật Bản năm 610. Một số tài liệu thì cho rằng chữ này hình thành trong khoảng những năm 420-588 và xuất phát từ Nam Ấn.

Chữ Siddham gốc là chữ cổ Gupta, sau đó biến hóa thành chữ Devanagari. Kinh điển Phật giáo từ Ấn Độ thời xưa truyền sang các nước lân cận ở nhiều dạng văn tự khác nhau trong đó chữ Siddham mang tầm quan trọng nhất, trong đó có bộ Kinh tạng của Huyền Trang thỉnh về từ Ấn Độ (vào năm 645).

Tại Việt Nam chữ Siddham từ xưa đến nay được mật truyền trong các tự viện. Với đại chúng thì lối chữ này không có mặt trong các văn bản lưu hành.

Ở Trung Quốc thời Đường, kinh văn chữ Phạn chính là chữ Siddham, đã xuất hiện các tác phẩm Phạn Tự Thiên Văn của Nghĩa Tịnh, Tất Đàm Tự Ký của Trí Quảng, Tự Mẫu Biểu của Nhất Hạnh.

Tại Nhật Bản chữ Siddham gọi là Bonji, tức "Phạm tự" (chữ của Phạm vương, tức Brahma). Sử ghi năm 608 đoàn tăng sĩ và tông đồ từ Nhật sang Trung Hoa thỉnh kinh và đem về nước một bộ kinh chữ Bonji. Tông phái Đông Mật của Không Hải cho tới nay vẫn chú trọng lối chữ Siddham trong thư tịch.

Có người cho rằng khi Trung Quốc tiếp thu chữ Nagari thì chữ Siddham bị đẩy vào quên lãng. Thời điểm này cũng là lúc bang giao giữa Nhật và Trung Quốc bị gián đoạn nên chữ Nagari và các thế hệ chữ viết sau này không được truyền sang lấn chân chữ Siddham tại Nhật. Vì lý do đó, chữ này đã trở thành tử ngữ tại Trung Quốc và ở các nước khác trừ nước Nhật. Thực tế là chữ Siddham vẫn được bảo tồn và lưu truyền trong các dòng Mật tông tại các nước trong khu vực.